Cerita berfokus pada Ittoki, seorang siswa sekolah menengah yang tiba-tiba menjadi target pembunuhan.
Dia entah bagaimana menyelamatkan dirinya sendiri tetapi segera menyadari bahwa dia adalah pewaris klan ninja Iga.
Ittoki akhirnya mengetahui kebenarannya tetapi tidak sebelum klan ninja musuh mencoba membunuhnya.
Ittoki kini harus berlatih ekstra keras untuk tetap hidup, dan itu juga di akademi khusus ninja.
Ninjutsu Gakuen adalah satu-satunya institusi ninja nasional Jepang yang terlihat seperti sekolah biasa tetapi melatih calon shinobi dari negara tersebut.
Di sini, Ittoki berlatih menjadi ninja Iga yang baik dan berteman dengan beberapa orang yang ramah seperti Teruyoshi Kisegawa, Ryoko Suzuno, dan Satomi Tsubaki.
Tapi mimpinya tentang pengalaman sekolah menengah yang menyenangkan hancur ketika teman masa kecilnya dan sesama ninja Iga, Kōsetsu memberitahunya tentang pengkhianat di sekolah.
Tepat setelah Kōsetsu mengungkapkan hal ini kepada Ittoki, terjadi beberapa pertempuran ninja yang hebat dan mendebarkan saat mereka melindungi pewaris ke-19 dari bahaya dan melatihnya juga.
Baca Juga: 10 Keberuntungan yang Dimiliki Roronoa Zorro di One Piece, Nomor 1 Bikin Sanji Cemburu